La Edad Media coincide con el periodo de dominación islámica, de manera que el edificio nos sumerge en la rica decoración musulmana del Patio y Sala Arabes a base de mármoles, yeserías, cerámicas y artesonados de gran belleza, bajo el sonido permanente del agua. Los años de dominación cristiana tienen sus propios espacios temáticos. La Sala Borja habla de los acontecimientos históricos de los siglos XV y XVI